爱丽丝”是特殊能力的代称，拥有爱丽丝的人可以做到一些平常人做不到的事情。“爱丽丝学园”就是专门为拥有“爱丽丝”的人开设的特别人才学校。 佐仓蜜柑和今井萤是一所乡间小学的同学，并且是非常要好的朋友。有一天小萤突然决定转学，蜜柑无论如何都无法接受，事后才知道小萤是为了救助即将被合并的学校做的决定。小萤要去的学校很特别，只招收具有特殊能力的人，一旦入学直到毕业才可以离开学校。分开后蜜柑基本上得不到小萤的消息，于是离家出走，只身一人来到东京的“爱丽丝学园”。

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